O efektivnosti přerozdělování peněz pro vědu je potřeba hovořit. Objem financování vědy a výzkumu je stále pozadu. V současnosti je vyčleněná částka cca 26,6 mld. Kč. Podíl výdajů na HDP je v ČR stále za většinou států evropské patnáctky, patří však k nejlepším z nových členských zemí. V celé EU se považuje za žádoucí vkládat do této oblasti alespoň 1% HDP státních výdajů, to ČR nedosahuje a nízký je i podíl soukromého sektoru. Celková podpora výzkumu a vývoje v ČR by měla při zapojení soukromých zdrojů a zdrojů EU dosáhnout 3% HDP. Tento požadavek samozřejmě není v rozporu s požadavkem větší ekonomizace vědy.

Pokud jde o systém přerozdělování peněz pro vědu, tak zavedené tzv. objektivní administrativně mechanické hodnocení je nešťastné. Samozřejmě nějaká pomocná kriteria jsou užitečná. Nesmí se ale absolutizovat a musí dojít k posílení transparentnosti a demokratičnosti rozhodování a většímu propojení vědy s potřebami hospodářské praxe. Toto je klíčové kriterium pro rozvoj excelentních pracovišť a zánik slabých institucí. Novela pravidel by se měla týkat i čerpání fondů EU na tyto účely. V roce 2009 byla schválená reforma institucionálního financování výzkumu, která znamená postupné snižování objemu institucionálních prostředků čerpaných Akademií věd ČR (dále jen AV ČR) a navazující bodovací systém je problém – nejde jen o patentovou byrokracii, ale o skutečné výsledky na trhu popř. zisk z licencí. A reforma také nešťastně postavila proti sobě AV ČR a vysoké školy. 

Akademický výzkum není samozřejmě jen o bezprostřední užitkovosti. Infrastruktura pro tvořivé uchopení světa je složitější věc. A AV ČR se snaží uhájit své specifické postavení. Ovšem i na úkor vysokých škol, i když ty si podle stoupenců AV ČR mohou úbytek financí dotovat z jiných peněz. AV ČR je přitom také školící pracoviště. Je nepřirozené, když se v ústavech AV ČR školí, ale vedení je možné jen z vysokých škol. Řešení je ve větším propojení vysokých škol s AV ČR v rámci nového systému péče o vědecké talenty.

Oprávněný je současný akcent aplikovaného (průmyslového) výzkumu. Nejde jen o podporu státní, ale i o větší spolupráci s podnikovou sférou. Nemělo by se tak dít ale na úkor základního výzkumu, pod hranici jeho existence nebo v oblastech ve kterých jsme dosáhli světově srovnatelné úrovně. Pro základní výzkum platí, že jeho výsledky slouží dlouhodobě pro rozvoj všech oblastí lidské civilizace a jsou přístupné všem více méně zdarma. Z toho vyplývá i obtíž financování základního výzkumu na komerční bázi. Role státu je tak při financování základního výzkumu nezastupitelná. Technologická agentura má mít účelovou podporu aplikovaného výzkumu na starosti. Audit výzkumu ale potřebuje i aplikovaný výzkum, dobrý aplikovaný výzkum se pozná podle transferu má realizace výsledků v praxi a inovacích.

Měla by být zřízena speciální instituce pro vědu a vysoké školy, která by politiku podpory zastřešovala. Zodpovědný orgán pro oblast vědy a výzkumu by měl mít příslušné kompetence a daleko větší autoritu než má Rada pro vědu, výzkum a inovace. To nejen ve vládě, ale i mezi vědci samotnými. Měl by se podílet na stanovování priorit ve vazbě na potřeby hospodářské praxe. Nikde na světě není úplná nezávislost oblastí zkoumání, jde o politickou neutralitu při udělování grantů a - aby bylo rozhodování pod veřejnou kontrolou především ze strany expertů a vědecké obce samotné - posílit prvky kvalitativního posuzování a kontroly na úrovni uplatňovaných výsledků. Rozdělování podle výsledků a ne jen podle záměrů posouvá těžiště od úředníků vědy k výkonným vědcům. 

Obecně je třeba věnovat pozornost metodice hodnocení společenské užitečnosti výzkumu, která rozhoduje o získání veřejné podpory pro příslušný výzkumný či vývojový program. Grantový systém je užitečný, ale tak, jak se vyvinul v ČR, je někdy pro vědu spíše škodlivý. Musel by se daleko rozumněji koncipovat. Granty dle názoru KSČM mají především podpořit dobrý, realizovatelný nápad. V ČR se však z toho stal základní způsob obživy vědeckých skupin. Zejména u experimentálních pak chybí finance na provoz nákladných zařízení obsluhovaných řadou zkušených techniků. Proto před navýšením kapacit Grantové agentury ČR je třeba ujasnit si proces rozhodování v této instituci.