Kontrola se týká období 2011 až 2014. NKÚ prověřoval na SFDI výdaje za zhruba dvě miliardy korun a pochybnosti má u částky, která netvoří ani dvě procenta z kontrolovaných výdajů. Kontrolní protokol NKÚ ve svém závěru uvádí, že v hospodaření s majetkem a peněžními prostředky státu nebyly ve většině kontrolovaných případů zjištěny nedostatky. Objektivní tedy je říci, že fond kontrolou prošel celkově dobře, což sám NKÚ v textu kontrolního protokolu konstatuje, tisková zpráva ale vyznívá podstatně jinak.

Ke konkrétním výtkám NKÚ: