Národní seznamy evropsky významných lokalit vznikají v každém evropském státě. Požadavek na tvorbu seznamu vyplývá z evropského práva, konkrétně ze směrnice o „stanovištích“. Cílem soustavy Natura 2000 je ochrana cenné evropské přírody a zachování její biologické rozmanitosti pro budoucí generace.

Směrnice definuje 60 typů přírodních stanovišť (určité typy lesa jako např. lužní lesy, bučiny, vodní plochy, louky atd.) a 105 významných a v rámci Evropy ohrožených druhů, které se vyskytují na území ČR. Směrnice také stanovuje na základě jakých odborných kritérií (velikost populace, kvalita stanoviště) mají být EVL navrhovány. Každý evropský stát musí v souladu se směrnicí navrhnout na svém území EVL pro jednotlivé druhy či stanoviště, které se na jeho území vyskytují. Jednotlivé návrhy jsou podrobeny odborné diskusi v rámci EK, která zajišťuje dostatečnou ochranu druhů a stanovišť v rámci celé EU.

Český seznam vznikl v roce 2005 po rozsáhlém mapování území ČR Agenturou ochrany přírody a krajiny ČR v letech 2000–2004. V minulosti byl seznam 2x doplňován po přehodnocení Evropskou komisí. Naposledy Evropská komise seznam přehodnotila v roce 2011. To vyústilo mj. v požadavek EK na doplnění 7 konkrétních lokalit, které se v návrhu doplnění objevily několikrát již v minulosti, ale předchozí vlády je nikdy neschválily. Mezi tyto lokality patří např. Slavíkovy ostrovy, Labské údolí, Ždánický les či Meandry Jihlavy. Po 2 letech nečinnosti minulého vedení MŽP zahájila Evropská komise s Českou republikou tzv. pilotní řízení, které předchází řízení pro porušení evropského práva, tzv. infringementu. V pilotním řízení stanovila jako podmínku doplnění seznamu podle jejích požadavků do ledna 2016. „V případě, že se tak nestane, hrozí ČR tvrdé sankce a možné je i zastavení evropských dotací,“ říká náměstek ministra pro ochranu přírody Vladimír Dolejský.