Společnost SAP a Technická univerzita v Mnichově nově nabízejí ProteomicsDB, databázi založenou na platformě SAP HANA, v níž jsou shromážděna data o proteinech a peptidech. Data uložená a analyzovaná prostřednictvím ProteomicsDB lze využívat v základním biomedicínském výzkumu, k vývoji nových léků, pokročilých diagnostických metod i ke stanovení cílů pro další výzkum. Platforma SAP HANA umožňuje identifikovat jednotlivé proteiny na základě dat získaných v experimentech pomocí hmotnostní spektrometrie. Jde o proteiny odpovídající více než 18 000 lidských genů, což představuje pokrytí 90 % lidského proteomu.
Dnešní zdravotnictví spolu se vzestupem personalizované medicíny objevuje příležitosti, které nabízí analýza velkých objemů dat (big data). Tento společný projekt firmy SAP, jejího inovačního centra a Technické univerzity v Mnichově znamená velký krok vpřed ve výzkumu lidského proteomu. ProteomicsDB již v současnosti obsahuje více než 11 000 souborů dat z lidských buněčných nádorových linií, tkání a tělních tekutin a umožňuje tato mnohodimenzionální data analyzovat v reálném čase a rychle testovat jednotlivé hypotézy.
Databáze ProteomicsDB je založena na platformě SAP HANA, což umožňuje rychlé dolování dat a jejich vizualizaci. Je určena pro veřejné sdílení dat o proteinech získaných pomocí hmotnostní spektrometrie. Uživatelé mohou tímto způsobem také kontrolovat data před jejich publikováním. Databáze má úložný systém o velikosti 50 TB, 2 TB paměti RAM a 160 procesorů. Přímé rozhraní pro programovací jazyky L, C++ a R umožňuje flexibilnější výpočty, než nabízí standardně používaný jazyk SQL. Webové rozhraní je založeno na standardu HTML 5 a JavaScriptu; optimalizováno je pro Google Chrome, ale lze používat také v prohlížečích Internet Explorer a Mozilla Firefox. Rychlé a snadno použitelné webové rozhraní uživatelům umožňuje jak prohlížení dat, tak jejich nahrání do úložiště. Při prohlížení dat o lidském proteomu lze získávat informace až na úrovni jednotlivých bílkovin, tedy například jejich funkci či expresi (syntéza podle genetické informace).
Databáze ProteomicsDB bude k dispozici zdarma. Využijí ji výzkumníci v oboru přírodních věd, stejně jako farmaceutické či biotechnologické firmy. Poznatky získané při analýze dat mohou najít uplatnění např. při vývoji nových léků, které budou působit cíleněji a mít méně vedlejších účinků.
„Současný biomedicínský výzkum generuje obrovské množství molekulárních dat. ProteomicsDB nám pomáhá tato data ukládat, analyzovat a neztratit se v nich, takže nenastane situace, kdy pro stromy nevidíte les,“ uvedl prof. Dr. Bernhard Kuster z Technické univerzity v Mnichově.
Podrobnější informace (v angličtině) – Databáze ProteomicsDB
Vysvětlivky
Proteiny – bílkoviny, dlouhé řetězce složené z aminokyselin
Peptidy – krátké řetězce složené z aminokyselin
Proteom – po vzoru genom; souhrn proteinů produkovaných genomem daného organismu/druhu
Hmotnostní spektrometrie – metoda analytické chemie umožňující stanovit hmotnost částic či jejich chemickou strukturu
V případě dalších dotazů kontaktujte naše mediální zástupce:
Jaroslav Tík, +420 775 854 369
Jakub Hynek, +420 606 246 215
Kontaktní e-mail: sap@emcgroup.cz
Více informací najdete na www.sap.com, @sapnews nebo www.sap-tv.com.
Fotobanku společnosti SAP najdete zde: http://www.sap-tv.com/stockfootage/
O společnosti SAP
SAP, lídr trhu s aplikačním softwarem, pomáhá podnikům a organizacím všech oborů a velikostí lépe fungovat a dosahovat svých cílů. SAP umožňuje lidem a organizacím pracovat společně mnohem efektivněji a využívat podnikové informace tak, aby byli neustále před konkurencí. Přitom nezáleží na tom, zda je SAP využíván ve skladě nebo podnikové prodejně, na mobilních zařízeních nebo klasických počítačích, na pracovišti zákaznické podpory nebo v kanceláři představenstva. Aplikace a služby společnosti SAP pomáhají již více než 238 000 zákazníků dosahovat vyšších zisků, zajistit si udržitelný růst a přizpůsobovat se aktuálním potřebám. V České republice působí společnost od roku 1992 a dosud získala více než 1000 zákazníků z oblasti podniků, finančních institucí a organizací veřejné správy.
autor: Tisková zpráva
