NKÚ ve svém kontrolním závěru poukázal na potenciální slabá místa systému poskytování podpory VaVaI, zejména v oblasti přenosu výsledků výzkumu do praxe, což je oblast, kterou se TA ČR již delší dobu intenzivně věnuje. Prověřování ze strany NKÚ bylo zaměřené zejména na čerpání a užití peněžních prostředků státu určených na účelovou podporu výzkumu a vývoje.

Podrobná kontrola NKÚ, která v TA ČR probíhala od 17. 8. 2015 do 15. 2. 2016, se zabývala obdobím fungování agentury mezi lety 2011 a 2014. Drtivá většina připomínek tak směřovala do období krátce po vzniku TA ČR a jejího postupného etablování v systému národní podpory aplikovaného výzkumu. Zjištění NKÚ se týkala věcí, které TA ČR vlastní kontrolní činností (včetně činnosti Kontrolní rady TA ČR, jmenované Poslaneckou sněmovnou Parlamentu ČR a předkládající jí pravidelné zprávy) odhalila a postupně vyřešila průběžným zlepšováním svého fungování, využitím vlastních zkušeností a také zahraničních zkušeností v rámci evropské sítě inovačních agentur TAFTIE, jejímž je TA ČR členem. Zejména se jedná o proces výběru projektů, který od kontrolované první veřejné soutěže programu ALFA doznal významných změn. Zvláště transparentnost podmínek a problematika vyvážení poměru míry kvalifikace expertů a jejich potenciální podjatosti byla a je předmětem zlepšování hodnotících procesů v TA ČR. Tuto skutečnost NKÚ ve svém závěru uvedl.