Povinné kvóty odmítá i česká vláda. Koncem května schválila rámcové stanovisko, v němž trvá na tom, aby přijímání uprchlíků v Evropské unii zůstalo na dobrovolném rozhodnutí národních států a nesouhlasí s povinnými kvótami na rozdělování migrantů v rámci EU, které navrhuje Evropská komise. Náměstkyně ministra vnitra Monika Pálková řekla poslancům, že vláda považuje zavádění kvót za nesystémové opatření jdoucí špatným směrem.

Výbor pozici vlády podpořil a vyzval ji, aby v orgánech EU usilovala o zablokování přijetí předmětného návrhu v předložené podobě. Poslanci podle svého usnesení zastávají názor, že hlavní pozornost při řešení migrační krize je třeba věnovat omezování jejích příčin a přijímání preventivních opatření.

Předseda ODS Petr Fiala varoval, že pokud unie přistoupí k povinným kvótám, bude to mít závažné důsledky a jedním z následků bude i zrušení schengenského prostoru. Zrušení Schengenu by podle Heleny Langšádlové (TOP 09) navíc ohrozilo značné množství tuzemských pracovních míst. Kriticky se vyjadřovali i další členové výboru z jiných stran. "Není možné řešit problémy jiných zemí na úkor vlastních občanů, a proto je nutné tento návrh komise odmítnout," řekla Dana Váhalová (ČSSD).