Na rozdíl od některých jiných představitelů české katolické církve i jiných křesťanských společenství Duka před volbou nedal věřícím konkrétní doporučení, koho by měli volit. S Milošem Zemanem mají dobré vztahy.

„Přeji Vám do dalších let především zdraví a vědomí, že Vaše funkce prezidenta republiky znovu potvrzená, je službou. Službou všem občanům bez rozdílu. A nám společně, všem občanům této země přeji, aby to byla služba v duchu lásky a pravdy, tak, jak to připomíná prezidentská standarta,“ uvedl Duka ve svém dopise.

Generální sekretář České biskupské konference Stanislav Přibyl po oznámení výsledků voleb vyzval k rychlému zakopání příkopů mezi tábory příznivců obou prezidentských kandidátů. Podle plzeňského biskupa a Přibylova předchůdce Tomáše Holuba výsledek volby ukazuje, že většina české společnosti nechce být natolik otevřená Evropě, jako byl vyzyvatel Miloše Zemana Jiří Drahoš.

Podle teologa a kněze Tomáše Halíka, známého svým dlouhodobě kritickým postojem k Zemanovi, na Hradě zůstává člověk minulosti, kolem něhož rozdělenou společnost nelze sjednotit. Věří, že šance na změnu politické kultury není zmařena, jen na čas odložena.

Duka má se Zemanem dlouhodobě dobré vztahy. V roce 2016 společně domluvili majetkové vyrovnání katolické církve a Pražského hradu a Zeman kardinálovi téhož roku 28. října udělil nejvyšší státní vyznamenání Řád bílého lva. Duku někteří věřící za jeho postoj k Zemanovi v minulosti kritizovali. Vadila jim třeba mše za představitele státu, kterou Duka sloužil v listopadu 2015 v Lánech. Několik desítek lidí poté v otevřeném dopise kritizovalo údajné symbolické spojování katolické církve s prezidentským úřadem. Označovali Dukovo vystoupení za politické gesto či kalkul. Pražské arcibiskupství takovou kritiku odmítlo.