Za vybudování Centrálního úložiště elektronických receptů SÚKL zaplatil v letech 2007 až 2016 téměř 318 milionů korun, jeho provoz bude v následujících čtyřech letech stát přibližně čtyři a půl milionu korun ročně. Využití tohoto systému je přitom minimální – od srpna roku 2011 do října roku 2016 bylo v České republice vydáno necelých pět milionů elektronických receptů, což představuje zhruba jen jeden a půl procenta ze všech vydaných receptů.

SÚKL si také při budování systému „eRecept“ nevyhradil možnost tento systém modifikovat, případně jej upravovat třetí stranou, ani celkově nevyjasnil autorská práva k jeho používání. Kvůli tomu se dostal do sporu s dodavatelem, který vyústil až v soud a pozastavení provozu systému od prosince roku 2015 do března roku 2016.