Důvodem jsou jeho spory s náměstkem Jiřím Vávrou, který byl zároveň předsedou pražské organizace TOP 09. Podle MF Dnes se nesnášeli dlouhodobě, po volbách však jejich spor eskaloval a oba si začali vyměňovat peprné vzkazy přes média.

V TOP 09 se na úrovni vedení řešily rozbroje v pražské organizaci již před volbami. Tehdy Vávra dával nepokrytě najevo své zklamání, že jej Hudeček úplně vytlačil z kandidátky do zastupitelstva, a primátor mu to, byť zatím neveřejně, vracel. Na předsednictvu si tehdy vzal slovo místopředseda Leoš Heger, muž s pověstí distinguovaného gentlemana, a zcela nečekaně na adresu pražských kohoutů pronesl: „Kluci, vezměte se za ruce a, prosím, odejděte. Oba.“