Andrej Babiš nikdy nedaroval Nadačnímu fondu proti korupci ani korunu, a ten Fond přesto aktivně řeší jeho kauzy. Mezi oznamovatele oceněné za odvahu patří i Martina Uhrinová a Lukáš Wagenknecht, kteří se ostře střetli s Andrejem Babišem na Ministerstvu financí, kvůli čemuž byli nuceni odejít. Nadační fond rovněž výrazně podpořil formou nadačního příspěvku portál Neovlivní.cz, který Babiše opakovaně kritizuje a na který Andrej Babiš permanentně útočí. Autory článků pomlouvající Nadační fond proti korupci, resp. vlastníky těchto médií, mohl rozčílit i fakt, že se Fond zabývá kauzami z oblasti energetiky. Autorem některých z těchto článků je navíc jeden z nejbližších spolupracovníků expremiéra Petra Nečase, který může cítit averzi vůči NFPK. Vedoucí Forum24.cz Pavel Šafr by měl sám vysvětlit, z jakého „zlatého padáku“ je tento portál vlastně financován. Stejně tak by měli doložit pravdivost svých výroků o financování NFPK Andrejem Babišem i pánové Kalousek, Pečinka či Heger...

Fond v roce 2012 podal trestní oznámení na Vladimíra Dbalého v kauze Nemocnice Na Homolce. Vladimír Dbalý kandidoval do Senátu za stranu Jiřího Paroubka, jehož hlavním poradcem byl Petr Dimun. Tehdy řekl, že je Nadační fond proti korupci financován Andrejem Babišem. Když byl dotázán na doložení tohoto tvrzení, tak odpověděl, že „čerpal z Googlu“. Stejný nesmysl se snaží šířit i mediální skupina Daniela Křetínského a i zde může být motivací, že Fond pravidelně doručuje podklady a materiály státnímu zastupitelství k případům, které se mohou této finanční skupiny týkat. Je to nakonec analogická situace, jako když právníci Iva Rittiga založili stránky „Vaše Svoboda“, kde se snažili očerňovat správní radu Fondu. Odposlechy v kauze Nagyová prokázaly, že do této aktivity bylo vloženo mnoho milion Kč.