Ministerstvo financí vyvrací účelově zkreslenou interpretaci, že hlavním problémem čerpání prostředků z fondů Evropské unie je systém auditů Ministerstva financí. Za problémy konkrétního operačního programu je totiž vždy primárně zodpovědný jeho řídící orgán.

Auditní systém ČR, který předložilo Ministerstvo financí, v minulosti odsouhlasila Evropská komise v rámci svého schvalování operačních programů. Stejně tak schválila popisy řídících a kontrolních systémů a všechny auditní strategie.

Evropská komise nemá největší výhrady vůči práci Ministerstva financí, ale hlavní nedostatky spatřuje v nastavení vztahů a procesů na úrovni konkrétních operačních programů, včetně kontrol prováděných v kompetenci řídících orgánů. Komise proto požaduje, aby došlo k větší centralizaci na úrovni Ministerstva financí. Jinými slovy Evropská komise věří Ministerstvu financí a naopak nevěří systému na úrovni operačních programů.