Podle Janoty totiž nebyl výběr projektů, které se nakonec úspěšně ucházely o peníze z Regionálního operačního programu Jihozápad, ze strany komise transparentní a ani dostatečně doložený. Mluvčí ministerstva financí Ondřej Jakob vysvětluje jeho postoj: „Ministr Janota se domnívá, že nejlepším řešením by bylo zrušení celé páté výzvy (sporné kolo pro výběr projektů) a vypsání nové. To by ale mohlo poškodit některé úspěšné žadatele a vrhlo špatné světlo na přerozdělování evropských dotací v celém Česku."