K rozdělení agentury CzechInvest dojde proto, aby ta část, která obsluhuje operační programy, přešla pod služební zákon. Vznik nové organizace byl podmínkou Evropské komise pro bezproblémové čerpání dotací z operačního programu Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK).

Nová agentura bude mít na starosti nejen administraci EU fondů spadajících pod MPO, ale rozsáhlé know—how zaměstnanců pomůže i zájemcům o dotace, kteří si s evropskými fondy neví rady. Flexibilní struktura nové agentury přiblíží problematiku strukturálních fondů více žadatelům.