V ten stejný rok založily Město České Budějovice a Jihočeský kraj společnost Jihočeské letiště České Budějovice, a.s. ve které mají oba subjekty podíl 50%. Tato společnost dostala (po převodu pozemků a budov z rezortu ministerstva obrany do majetku Jihočeského kraje) areál plánského letiště do správy. Bylo nutné zahájit rekonstrukci, v první fázi byla opravena administrativní budova, vykoupeny zbývající pozemky od soukromých vlastníků, je připraveno nové oplocení areálu, obnova ČOV a kanalizace, odlesnění, dekontaminace některých objektů apod. Letiště také postupně získávalo další licence rozšiřující jeho provoz, v současné době vlastní licenci neveřejného mezinárodního letiště s vnější hranicí, cílem je dosáhnout statutu veřejného mezinárodního letiště.

V současné době na letišti funguje například hasičský záchranný sbor, staví se zde heliport pro účely zdravotní záchranné služby a letiště eviduje ročně více než 8000 pohybů, především přílety a odlety malých osobních letadel. Roční dotace Statutárního města České Budějovice činí 17 milionů Kč na provoz a 2,5 mil. Kč na investice, kraj poskytuje ročně na provoz také 17-19 milionů Kč a např. z rozpočtu kraje na rok 2011 uhradil výstavbu nové administrativní budovy a další investiční akce v rozsahu 51 milionů Kč a sanační opatření a opravy v částce 7 milionů Kč.

Další fází důležitou pro rozvoj letiště je získání licence pro veřejné mezinárodní letiště, což by umožnilo provoz klasických linkových letů i charterové lety a zřejmě i získání stabilního partnera pro provozování, který by pokryl svými kontrakty se zákazníky alespoň základní část provozních nákladů.

Následný postup modernizace a rozšiřování letiště spojilo současné vedení kraje se získáním finanční podpory od Evropské unie z Regionálního operačního programu Jihozápad ve výši přes 400 milionů korun, což mělo sloužit jako významná injekce pro stavbu terminálu, opravu dráhy apod. Ovšem Jihočeské letiště tuto dotaci nedostane, kraj obdržel počátkem roku 2012 vyrozumění Evropské komise, která považuje projekt za obtížně udržitelný a problémový s nevyjasněným postavením vůči národní strategii rozvoje letecké dopravy v České republice. Nově nastalá situace staví kraj, potažmo město České Budějovice před problém, jak naložit s letištěm dál.

Spoléhání se na přísun evropských dotací a zřejmě i snaha kraje, aby sám kraj zadával všechny zakázky na modernizaci, zcela vytěsnilo snahy o nalezení strategického soukromého partnera, bez něhož je další rozvoj letiště nemyslitelný.