NKÚ prověřil nákupy pomůcek a materiálu ministerstev zdravotnictví a vnitra v období od 1. ledna do 31. srpna 2020 v celkovém úhrnu ve výši 8,5 miliardy korun. Výsledky kontroly okomentoval prezident NKÚ Kala slovy: „Ukázalo se, že stát podcenil přípravy na krizi a na problémy při jejich zvládání. Nebudu známkovat postup ministerstev jako ve škole, ale budu hodnotit slovně. Dám příklad. Tak třeba když víme, že respirátory FFP3 šly nakupovat od 60 korun do 424 korun za kus, ale ministerstva nakupovala o řád nižší, tedy FFP2, i za 777 korun za kus, tak z toho plyne, že stát rozhodně nepostupoval v souladu s finančními pravidly. Cena je ale jen jedna z věcí, na kterou kontrola poukázala.“

Podle NKÚ měla ministerstva zdravotnictví a vnitra vlastní nákupní týmy, které nespolupracovaly. Kontroloři NKÚ kritizovali i to, že od roku 2011 až do začátku epidemie ministerstvo zdravotnictví neaktualizovalo Pandemický plán ČR a že za stejnou dobu se také neměnily státní pohotovostní zásoby pomůcek a materiálu. V téměř stostránkové kontrolní zprávě se uvádí, že nejprve stát zaspal a následně selhal na mnoha úrovních. V nákupech byl chaos a byly netransparentní. Několik z nich už vyšetřují orgány činné v trestním řízení. V podezření je například i chování ministra vnitra Jana Hamáčka týkající se daru ochranných pomůcek, které věnoval podnikatelský subjekt českému státu. Na přímý pokyn ministra vnitra Hamáčka byl ale tento dar předán soukromé společnosti, která ochranné pomůcky distribuovala. Podle zprávy NKÚ není jasné, kolik a komu to bylo.