Druhým problémem letounů L-159 je jejich přístrojové a navigační vybavení odpovídající spíše vybavení letounů provozovaným v NATO, ale absolutně nevyhovující pilotům, které létají na strojích starší či ruské provenience. Tento nedostatek chce řešit česká armáda nákupem nových motorů AI-25T a uvedením do opětovného provozu cvičné letouny L-39. Nákup motorů bude stát kolem 40 milionů korun. Problémem je, že LOM Praha disponuje osvědčením výrobce motorové jednotky pro generálky výše uvedených motorů. Ovšem z důvodu jisté nedůvěry velení naší armády vůči tomuto státnímu podniku bylo rozhodnuto o nákupu nových motorů.
Je tedy otázkou, jak dlouho budou letouny L-39 provozovány a zda se vložená investice vyplatí. Armádní letectvo totiž po více jak půl roce zjistilo, že vlastně nemá české piloty na čem cvičit. A pouhý trenažér či teorie opravdu nestačí. Proto zřejmě vyrukovalo ministerstvo obrany s tezí mezinárodní spolupráce ve výcviku pilotů. Obávám se však, aby i toto rozhodnutí nepatřilo k těm nekoncepčním a ve svém důsledku pro armádu drahým.
Na základě šetření a po zjištění důvodů závady a požáru motoru NGŠ Vl.Picek a ministr obrany A.Vondra rozhodli o postupném ukončení provozu těchto letounů, jejichž životnost má být dosažena nejpozději v roce 2020. Pět strojů bylo vyřazeno z výzbroje okamžitě a zbylé čtyři letouny měly sloužit k výcviku pilotů do roku 2016. Ovšem pokud bude provedena generální oprava motorů a řada opatření výrobce této pohonné jednotky tak, aby byl zajištěn bezpečný provoz těchto letounů.
