Nepovinná očkování se provádějí na vyžádání klienta a ten si je i sám hradí – jak cenu vakcíny, tak i cenu její aplikace. Jsou (zatím) pouze 3 výjimky, kdy je i nepovinné očkování hrazeno z veřejného zdravotního pojištění, resp. hrazena je vakcína v provedení nejméně ekonomicky náročném a její aplikace. Konkrétně je to u očkování proti chřipce, proti pneumokokům a proti papilomavirům, které mohou způsobit rakovinu děložního hrdla. Skupiny osob, na které se vztahuje možnost absolvovat uvedená očkování jako pojišťovnou hrazené, stanoví zákon o veřejném zdravotním pojištění. To znamená, že tuto možnost nemají všichni pojištěnci.

To, která vakcína je tou ekonomicky nejméně náročnou, vychází z rozdílu aktuálních cen jednotlivých vakcín a výše jejich úhrad pojišťovnou, což určuje Státní ústav pro kontrolu léčiv. Například u chřipky byl dříve ekonomicky nejméně náročný Vaxigrip, pro sezónu roce 2015-2016 je to Influvac. Pokud si klient vybere vakcínu jinou než ekonomicky nejméně náročnou, musí si uhradit rozdíl v ceně (aplikaci i u dražších vakcín ale hradí pojišťovna). Čerpat na tento doplatek příspěvek VZP z fondu prevence není možné – ten se vztahuje jen na očkování, které si pojištěnec plně zaplatil.