V některých médiích se v posledních týdnech objevily nepřesné informace o konfliktu mezi náměstky na ministerstvu financí. Ten mělo vyvolat trestní oznámení kvůli provozu IISSP (Integrovaného informačního systému Státní pokladny). Trestní oznámení na neznámého pachatele podal standardní cestou právní odbor ministerstva, nikoli jeho náměstek, jak některá média nesprávně uvádějí. Resort tak reagoval na zprávu Nejvyššího kontrolního úřadu č.12/09, podle níž ministerstvo neprovozovalo systém státní pokladny v souladu se zákonem.

NKÚ upozornil ministerstvo mimo jiné na to, že v souladu se zákonem o veřejných zakázkách neprovedlo v roce 2010 takzvané zadávací řízení před uzavřením smlouvy o poskytování služeb k IISSP. V souvislosti s touto zprávou NKÚ a provedenou daňovou kontrolou obdržel resort zároveň platební výměr za porušení rozpočtové kázně, který celkově činí přibližně 227 milionů korun a příslušenství, které činí 1 promile denně z částky odvodu za každý den prodlení.