Kontroloři v závěrečném účtu MMR zjistili, že některé jeho části nebyly úplné. MMR například neuvedlo hodnocení hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti výdajů na úrovni kapitoly tak, jak stanovuje vyhláška. Některé informace v závěrečném účtu neodpovídaly údajům ve finančních výkazech nebo v účetní závěrce za rok 2016, další uvedlo ministerstvo nesprávně.

Podle kontrolorů nevedlo MMR správné, úplné a průkazné účetnictví. V účetní závěrce za rok 2016 zjistili kontroloři významné nesprávnosti za více než 8 miliard korun. Podle NKÚ tak účetní závěrka MMR za rok 2016 nepodává věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví.

Nejvýznamnější nesprávnosti vznikly tím, že MMR v přehledu o peněžních tocích vykázalo zvýšení stavu peněžních prostředků o 3,5 miliardy korun, i když ve skutečnosti došlo k jejich snížení o 2 miliardy korun. MMR také například nesprávně ocenilo podíly na zisku akciové společnosti vyplacené formou nefinanční dividendy, které navíc nepromítlo do výsledku hospodaření.