Kontrola ukázala, že reforma nebyla dostatečně připravena, především v prvních letech ji provázely problémy. Například účetní předpisy spojené s reformou, které tvořilo MF, byly v letech 2010 až 2014 nejednoznačné. Ze 17 kontrolních akcí ověřujících účetní závěrky organizačních složek státu za uvedená účetní období se NKÚ kvůli tomu v 11 kontrolních závěrech ke spolehlivosti účetní závěrky nemohl vyjádřit. Některé další účetní oblasti zůstávaly v době kontroly stále neupravené. Metodickou podporu, která by účetním jednotkám pomohla se zavedením změn do jejich praxe, MF poskytovalo až od roku 2011. Ve výsledku se opozdilo první sestavení účetních výkazů za celou Českou republiku o šest let.

Smyslem reformy bylo, aby účetní jednotky veřejného sektoru vykazovaly komplexnější a užitečnější informace o hospodářské situaci státu. Z vydaných stanovisek NKÚ ke spolehlivosti účetních závěrek organizačních složek státu v době po zahájení reformy vyplývá, že v řadě případů tyto jednotky nevykazovaly spolehlivé účetní informace. Z 11 účetních závěrek, ke kterým se NKÚ ve svých kontrolách vyjádřil, podávala účetní závěrka dané instituce věrný a poctivý obraz předmětu účetnictví jen ve dvou případech bez výhrad.