Ministerstvo financí coby nástupnický subjekt Fondu hospodaří s příjmy z privatizace (v současnosti především dividendy ČEZ), které jsou ukládány mimo státní rozpočet na tzv. zvláštních účtech privatizace. S těmito penězi v současnosti nelze nakládat volně dle uvážení vlády, výdajové tituly jsou přesně stanoveny právě zákonem o zrušení Fondu národního majetku. V první řadě jsou tyto peníze získávané na základě privatizace využívány na realizaci ekologických závazků vzniklých při privatizaci, které má stát smluvní povinnost uhradit. Tyto prostředky je také možné převést do státního rozpočtu a využít na financování důchodů, je-li tzv. důchodový účet ve schodku, což platí nepřetržitě od roku 2009 a teprve za rok 2018 odhaduje MF díky dobré kondici české ekonomiky návrat k mírně přebytkovému hospodaření tzv. důchodového účtu. Tím pádem nebude splněna podmínka pro převod peněz do státního rozpočtu a vzniká riziko jejich bezúčelného hromadění na privatizačních účtech, protože zůstatky na účtech výrazně převyšují výdaje na ekologické a další privatizační závazky.