Návrh na jmenování Novotného profesorem pro obor analytická chemie předložila Univerzita Pardubice v únoru 2003 bývalé ministryni školství Petře Buzkové (ČSSD). Tehdejší vláda Vladimíra Špidly (ČSSD) a prezident Václav Klaus obdrželi i dalších 97 návrhů na nové profesory, kteří se jimi stali od 1. května 2003. Z vládních podkladů vyplývá, že k Novotnému se při jednání kabinetu v dubnu téhož roku objevila výhrada, že daňová správa prošetřuje jeho podnikatelské aktivity. Špidla jeho jmenování následně nepodepsal a kancelář prezidenta potvrdila, že byl ze seznamu nových profesorů vyřazen.

Vzhledem k tomu, že se u soudu neprokázalo, že by se Novotný dopustil trestného činu, rozhodl se ho letos v dubnu prezident Zeman profesorem jmenovat. Dopisem z 16. dubna požádal premiéra Babiše o kontrasignaci. Podle ministerstva školství, které nyní návrh opět předloží vládě, již jmenování Novotného nic nebrání. Úřad proto doporučil premiérovi rozhodnutí prezidenta spolupodepsat.