V mnoha vystoupeních mezi lety 2013 a  2015 mluvil o „nemoci farizeů“ (7. listopadu 2013), o „těch, kteří napadají Krista ze nerespektování sabatu“ (1. dubna 2014), o „pokušeni soběstačnosti a klerikalismu, omezení víry na normy a instituce, jak to dělali znalci Písma a farizeové v době Ježíšově“ (19. září 2014). 30. srpna 2015 při modlitbě Anděl Páně papež řekl, že tak, jak tomu bylo v případě farizeů, „tak i pro nás je něčím nebezpečným považovat se za lepší než jiní jen proto, že zachováváme zásady a zvyklosti, zejména když nemilujeme své bližní, máme tvrdé srdce, jsme arogantní a pyšní.“ 8. listopadu 2015 papež postavil do protikladu chování znalců Písma a farizeů, spočívající na vylučování se, k chování Ježíše, které spočívá na „inkluzi“ (začleňování).

Přirovnání k farizeům je zřejmé i v případě papežovy promluvy ze 24. října na závěr 14. zasedání letošní řádné biskupské synody o rodině. Komu patří ta „uzavřená srdce, která se často skrývají za naukou Církve nebo za dobrými úmysly, aby zasedla na stolci Mojžíšově a soudila, někdy s pocitem nadřazenosti a s povrchností, těžké případy a zraněné rodiny,“ ne-li „farizeům, kteří si z náboženství dělají (nikdy nekončící) řetěz přikázání“ (26.června 2014)? Je vidět, že k farizeům podle Františka náleží každý, kdo nekompromisně brání Boží přikázání, předpisy a absolutní, jednoznačně závazné normy Církve.

Kdo to vlastně byli farizeové? Když Ježíš začal učit, byl židovský svět rozdělen na mnoho naukových směrů, jak na to upozorňuje Písmo sv. i historikové, např. Josef Flavius (37-100 po Kr.) v Židovských starožitnostech a ve Válce židovské. Hlavními skupinami byli farizeové a saduceové. Farizeové dodržovali náboženské příkazy do nejmenších detailů, ztratili ale ducha Pravdy. Byli pyšnými lidmi, kteří falšovali proroctví týkající se příchodu Mesiáše a intepretovali Boží zákon podle svých vlastních názorů. Saduceové, pochybující o nesmrtelnosti duše a odmítající většinu svatých knih, učili ještě závažnější bludy. Obě skupiny zpochybňovaly vládu sanhedrinu (velerady), ačkoliv ten byl v době Ježíšově řízen saducey.

V Matoušově evangeliu máme tři zmínky o saduceích, Marek je vzpomíná pouze jednou, farizeové naproti tomu se v obou evangeliích vyskytují mnohokrát. V kap. 23 Matoušova evangelia se nachází otevřená obžaloba na jejich adresu: „Běda vám, zákoníci a farizeové, pokrytci, kteří dáváte desátky z máty, kopru a kmínu, avšak opustili jste to, co je v zákoně důležitější: spravedlnost, milosrdenství a věrnost. Toto jste měli činiti a ono nepomíjeti…“(Mat 23,23).

Sv. Tomáš Akvinský, když komentuje tento úryvek, vysvětluje, že farizeové nebyli pokáráni Pánem za to, že odevzdávali desátky, ale za to, že podceňovali závažnější, především duchovní přikázání. S odvoláním na sv. Jana Zlatoústého Tomáš píše, že se zde jedná o vztah, nikoli o povinnost (Summa Theologica, II-IIae, q. 87 ad 3).