Národní muzeum to nemělo nikdy jednoduché.  Jako instituce bylo založeno roku 1818 pod názvem Vaterländisches Museum či Vlastenecké muzeum v Čechách. Před postavením nové samostatné budovy sídlilo provizorně ve Šternberském (1821–1846) a Nostickém paláci (1846–1892) na Příkopech. Až v roce 1876 na návrh Františka Ladislava Riegra pražští radní odsouhlasili plány a darovali pro stavbu nové muzejní budovy velmi cenný pozemek na horním konci Václavského náměstí. 15. listopadu roku 1883 byl vypsán veřejný konkurz na architekta. Celkem bylo přihlášeno 27 návrhů, vítězem byl Josef Schultz s návrhem nazvaným Pro patria. Stavba byla financována českým sněmem. Povolení ke stavbě bylo vydáno 27. června 1885. Už roku 1888 se dokončila stavba hlavní kopule a bylo osázeno hlavní schodiště. Tento rok měly být práce ukončeny, bohužel nepřálo počasí, začalo se alespoň s přípravou vnitřního zařízení.

Se stěhováním sbírek do nové budovy muzea se začalo 4. května 1891 a zahajovací slavnost se slavnostním zpřístupněním nové budovy Muzea Království českého proběhla 18. května roku 1891. Reprezentativní sídlo Muzea Království českého s pozlacenou kopulí vyrostlo nedaleko zbořené Nové Koňské brány v místech, kde do roku 1875 stály novoměstské hradby. Při pohledu na dnešní umístění muzea mezi dvěma směry rušné magistrály si lze jen těžko představit, že stavba původně sídlila uprostřed klidného parku.

Budova, která tvoří dominantu celého Václavského náměstí, nebyla od té doby rozsáhleji opravovaná. Poškodily ji nálety ve druhé světové válce a musela se vyrovnat se zásahem bombou na jejím konci, střelami sovětských vojáků v roce 1968, které jsou na fasádě budovy zřetelné dodnes, i následky výstavby metra a nejrůznějšími otřesy a škodlivými vlivy zvenčí především kvůli intenzivní automobilové dopravě. Kromě toho jsou dnes její prostory pro uložení sbírek i jejich vystavování už nedostačující. Původní projekt totiž téměř nepočítal s depozitáři, kromě výstavních prostor a kanceláří se v něm našlo skladiště jen pro 300 000 svazků a nepříliš velký sklad pro sbírky minerálů a nerostů. Proto sociálně-demokratická vláda v roce 2006 rozhodla, že uvolní 4,5 miliardy na rozsáhlé opravy muzea. Národní muzeum během díky rekonstrukci nově zpřístupní prostory v suterénu, v kopuli otevře vyhlídku a propojí se s budovou bývalého Federálního shromáždění, kterou v roce 2006 dostalo do správy. Získá dvojnásobnou výstavní plochu proti dnešku a bude moci vystavit mnoho exponátů, které jsou dnes v depozitářích.

Muzejníci proto dostali úkol přestěhovat do začátku roku 2011 rozsáhlé přírodovědné, historické i knižní sbírky z hlavní budovy do náhradních prostor, aby se mohlo začít s přestavbou. Historická budova Národního muzea v Praze se pro návštěvníky uzavřela v červenci 2011. Původně byla realizace stavby je plánovaná na necelé tři roky od prosince 2011 do června 2015.  Po otevření slibuje návštěvníkům unikátní muzejní komplex, jehož pilířem bude nová stálá expozice, která propojí expozici přírodovědnou a společenskovědní a s využitím moderních technologií nabídne reflexi vztahu člověka a krajiny z různých úhlů pohledu. Rozšířit se mají prostory pro krátkodobé výstavy a na návštěvníky bude čekat nová kavárna, muzejní obchod a dětský koutek. Nově se budou využívat i dosud nepřístupné vnitřní dvory muzea - dostanou prosklené střechy, vzniknou z nich haly pro výstavy a další akce. Financování rekonstrukce obou muzejních budov vychází z programu péče o národní kulturní poklad schválený vládou v roce 2006. Dvě miliardy pocházely ze zrušeného Fondu národního majetku, zbytek měl být postupně uvolňován ze státního rozpočtu na daná léta. Pokud by vše šlo podle původních plánů, mělo obnovené muzeum přivítat návštěvníky ve své nové podobě v červnu 2015. Jenže …