Druhá vlna modernizace uhelných zdrojů ČEZ za více než 100 miliard korun proběhla v letech 2008 – 207. Na vybraných elektrárnách se v současnosti investuje do dalšího snižování emisí v rámci přípravy na evropské limity od roku 2020.

ČEZ v průběhu let 1992 - 98 odsířil 5 930 MW výkonu v uhelných elektrárnách a dalších přibližně 500 MW vybavil moderními fluidními kotli. Emise oxidu siřičitého i popílku se díky technickým opatřením snížily nejméně o 90 % a emise oxidů dusíku o 50 %. Ve stejném období ČEZ také postupně odstavil celkem 2020 MW výkonu v nejstarších uhelných elektrárnách a jako náhradu tohoto výkonu dostavěl Jadernou elektrárnu Temelín, jejíž rozestavěnou stavbu zdědil po rozdělení státního podniku Českých energetických závodů.

Elektrárenská společnost ČEZ tak v sedmi letech zrealizovala patrně vůbec nejrozsáhlejší a nejrychlejší ekologický program v Evropě (v Německu trval tento proces dvojnásobnou dobu). V rámci tohoto programu bylo v elektrárnách instalováno celkem 28 odsiřovacích jednotek a 7 fluidních kotlů, rekonstruovány odlučovače popílku a modernizovány řídicí systémy elektráren. Celkem bylo do modernizace, odsíření a dalších opatření uhelných elektráren investováno 111 miliard korun.