Kontroloři se zaměřili především na náklady spojené s činností těchto organizací, například na právní a poradenské služby, spotřebu materiálu či mzdy, a také na to, jak organizace zacházely s majetkem státu. Prověřili i to, jak MD a ŘVC přistoupily k nápravě nedostatků, které popsala předchozí kontrola NKÚ z roku 20141. Z kontroly nevyplynuly závažnější nedostatky, s výjimkou několika problémů, které se táhly už řadu let. Ty se týkaly nevýhodné smlouvy, která pro stát znamenala desetimilionové výdaje navíc, a vleklého majetkoprávního vypořádání souvisejícího s umístěním dálnice.

Ředitelství vodních cest v roce 2009 uzavřelo se soukromou firmou nevýhodnou smlouvu na úhradu nákladů spojených s provozem vlečky na železniční trati Kolín–Nymburk. Firma na základě této smlouvy vyfakturovala částku 36 milionů korun, kterou ale ŘVC odmítlo uhradit, ačkoliv k tomu nemělo relevantní důvod. Následné soudní spory prohrálo a kvůli pokutám, úrokům z prodlení a soudním výlohám muselo nakonec zaplatit celkově 100 milionů korun.