Z prioritní osy 3 se podporují například komerční uplatnění výsledků vývoje, zakládání center pro transfer technologií nebo propagace a popularizace vědy. Právě na propagaci a popularizaci ministerstvo mezi lety 2009 až 2014 rozdělilo 3,7 miliardy korun, zatímco na podporu využití výsledků výzkumu a vývoje v komerční sféře připadlo jen 1,4 miliardy. Podpora propagace na úkor uplatnění vědeckých výsledků v praxi může vést k tomu, že nevzniknou nová kvalifikovaná pracovní místa a neposílí se výzkumný, vývojový a inovační potenciál České republiky, a tedy ani její konkurenceschopnost.

Ministerstvo odkládalo vyhlášení výzev na předložení projektových žádostí, což v kombinaci s jejich dlouhým posuzováním vedlo ke zpomalování projektů. Doba od termínu, do kterého měli zájemci o dotace předložit své projekty, do rozhodnutí o tom, jestli peníze získají, trvala v průměru 14 měsíců. Pomalu ministerstvo postupovalo i v případech, kdy zjistilo, že příjemci využili prostředky v rozporu s tím, na co dotace získali. Například řešení jedné z nesrovnalostí trvalo – od prvotního podezření do oznámení finančnímu úřadu – téměř dva roky.

Ministerstvo nastavilo dobu udržitelnosti projektů na pět let. Příjemci podpory ale už při předkládání projektových žádostí uvedli, že příjmy ze vstupného, prodeje propagačních předmětů a dalších zdrojů už během těchto pěti let nepokryjí jejich náklady na provoz. Pokrytí ztráty po dobu udržitelnosti si příjemci sice v době rozhodování o dotaci smluvně zajistili příslibem finančních darů či různých typů příspěvků, přesto z dlouhodobého hlediska hrozí, že provoz center bude v dalších letech kvůli nezajištěnému financování ohrožen.

Kontrolou zjištěné nedostatky neohrožují čerpání evropských dotací z prioritní osy 3 operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace.