Pokud by byl zachován stávající způsob financování, průměrná výše ročních výdajů (za posledních 10 let cca 1,9 mld. Kč) a současné tempo pozemkových úprav, bylo by k jejich dokončení na zbývajících katastrálních územích třeba ještě nejméně 50 let. Náklady na pozemkové úpravy hradí v ČR v plné míře stát, ačkoliv zákon umožňuje finanční zapojení obcí a vlastníků pozemků. Jak NKÚ zjistil, např. v Bavorsku je státní příspěvek na pozemkové úpravy poskytován do výše 75 %, resp. 65 % (na úpravu vinic). Zbylých 25 % (resp. 35 %) nákladů hradí obce a zemědělci.

Pozemkové úpravy představují kontinuální proces, kdy i v budoucnu bude probíhat dělení a scelování pozemků. Do procesu budou dále vstupovat noví vlastníci, dopady vyvolané klimatickými změnami apod. To bude permanentně vyžadovat další finanční prostředky nad rámec uvedeného odhadu, zejména ze státního rozpočtu. Z kontroly vyplynulo, že MZe a Státní pozemkový úřad (SPÚ) sice vypracovaly strategické a koncepční materiály, ani jeden z nich však neposkytuje informace o budoucím rozsahu pozemkových úprav. MZe soustavně nesledovalo a nevyhodnocovalo účelnost a hospodárnost vynaložených peněžních prostředků na pozemkové úpravy, čímž neplnilo zákonem stanovené povinnosti.