Nejvyšší soud – spolu s Nejvyšším správním soudem a Ústavním soudem – patří k nejvyšším soudním instancím v zemi. Jeho pravomoci jsou značné – vydává sjednocující stanoviska a může zrušit i pravomocný rozsudek. O jeho důležitosti ostatně svědčí i úsilí, které svého času prezident Klaus vynaložil na obsazení nejvyšších postů soudu jím favorizovanými funkcionáři (více zde). V souvislosti s aplikací amnestie se na Nejvyšší soud obracel nejvyšší státní zástupce Pavel Zeman. V několika případech podal tzv. dovolání v neprospěch amnestovaných.  

Nadační fond proti korupci oslovil Nejvyšší soud (stejně jako krajské a vrchní soudy a analogicky státní zastupitelství) se stejnou žádostí o poskytnutí usnesení, vydaných k aplikaci článku II amnestie. Fond chtěl mít jistotu, že sbírka bude kompletní. Všechny instituce (bylo jich přes dvacet) fondu vyhověly s tím, že v usneseních provedly nezbytnou anonymizaci osobních údajů (i za úhradu s tím spojených nákladů). Již to je ovšem zajímavé. V rámci stejné nezbytnosti byla některými institucemi začerněna jen jména a osobní data poškozených, plná jména amnestovaných byla ponechána. U jiných institucí byly ze jmen amnestovaných osob ponechány pouze iniciály, názvy firem, ve kterých amnestovaní působili, byly ponechány. Konečně některé instituce začernily i iniciály i názvy firem, ve kterých amnestování působili. Jedna nezbytnost a tolik výkladů…