Dojde-li k provozním poruchám, řeší se obvykle na úkor nákladní dopravy. To je tím vážnější, že jde o součást nákladních evropských koridorů RFC5 a RFC9, přičemž neexistuje žádná použitelná alternativa, jíž by bylo možné v případě potřeby odklonit nákladní dopravu. Problémy průvozu vlaků vznikají také při výlukách z důvodu údržby trati nebo při mimořádnostech.

Daná situace vytváří omezení také pro významně rostoucí kombinovanou dopravu, kterou na trati Přerov – Ostrava reprezentují přepravy velkých kontejnerů, výměnných nástaveb a intermodálních návěsů, které jsou v rostoucí míře uskutečňovány z terminálů na Ostravsku (Paskov, Šenov) i v sousedním Polsku. Silný nárůst nákladní dopravy v úseku Přerov – Ostrava lze navíc očekávat po otevření trati Koralmbahn a základnového tunelu Semmering v Rakousku, tj. významného zjednodušení průchodu železniční nákladní dopravy přes alpské hřebeny v trase Baltsko-jaderského nákladního koridoru RFC5, v roce 2025, resp. 2027.