V jednom ze tří režimů programu Antivirus (režim A Plus) stát navíc nesl téměř 100 % nákladů na udržení pracovních míst, což bylo proti zásadě uplatňované v ostatních zemích EU, kde tyto náklady stát sdílel se zaměstnavateli a zaměstnanci. Pokud by se dodrželo pravidlo částečné kompenzace, stát by ušetřil až 4,4 mld. Kč. Zjistil to NKÚ, když prověřoval, jak Ministerstvo práce a sociálních věcí (MPSV) a Úřad práce ČR (ÚP ČR) nakládaly v letech 2020 a 2021 s peněžními prostředky státního rozpočtu a EU určenými na podporu zaměstnanosti.

NKÚ došel k závěru, že část peněžních prostředků státního rozpočtu a EU určených na podporu zaměstnanosti byla vynaložena neúčelně. Podle kontrolorů porušily MPSV a ÚP ČR povinnosti stanovené právními předpisy EU a ČR a obě instituce nesledovaly a nevyhodnocovaly dopady programu Antivirus.

Podporu z programu Antivirus v celkové výši 51,2 mld. Kč obdrželo téměř 71 000 firem a jejich 1,2 mil. zaměstnanců. Celkem 9,8 mld. Kč čerpaly podniky z odvětví, kde nedošlo k poklesu produkce. Mezi nimi byly např. i firmy zabývající se informačními technologiemi. V tomto odvětví přitom v roce 2021 vzrostla hospodářská produkce oproti roku 2019 o 17,5 % a počet zaměstnanců o 9,5 %. Podporu z programu Antivirus ve výši 48,1 mil. Kč dostal i obchodní řetězec, který v době pandemie covidu-19 hospodářsky expandoval a nepřetržitě nabíral nové zaměstnance. Jeho čistý obrat se v roce 2020 oproti roku 2019 zvýšil o 10,5 mld. Kč a zisk o 336,4 mil. Kč. Počet zaměstnanců firma zvýšila o 11,1 %.