Dalším ministerstvem, u kterého se Nejvyšší kontrolní úřad zaměřil na vedení účetnictví a vykazování údajů v rámci účetní závěrky, finančních výkazů a závěrečného účtu, bylo Ministerstvo životního prostředí. Při kontrole byly zjištěny významné nesprávnosti, které byly vyčísleny v celkové výši 7,1 miliardy korun.

Ministerstvo nevedlo správné a úplné účetnictví. Devadesát procent celkové nesprávnosti představuje nesprávnost ve výši téměř šest a půl miliardy, která byla zjištěna v přehledu o peněžních tocích. Ministerstvo dále například nesprávně účtovalo o transferech poskytovaných ze státního rozpočtu, nesprávně vykázalo dlouhodobý majetek a pohledávky. K některým pohledávkám po splatnosti netvořilo opravné položky, nesprávně účtovalo o opravách minulých účetních období a o přecenění reálnou hodnotou majetku, který nebyl určen k prodeji. Na podrozvahových účtech vykázalo některé skutečnosti, které nebyly předmětem účetnictví. Dále v účetní závěrce neuvedlo informace k účetním metodám používaným v roce 2013 ani doplňující informace k položkám jednotlivých výkazů. Rovněž inventarizaci neprovedlo Ministerstvo životního prostředí v roce 2013 v souladu se zákonem o účetnictví.