Město Chodžaly bylo vybráno jako další cíl v okupaci ázerbájdžánského území, tento útok měl vyvolat paniku a strach u Ázerbájdžánců a samotná brutalita masakru připravovala půdu pro následné masivní etnické čistění tohoto území. Výsledkem byla okupace pětiny území Ázerbájdžánu, kvůli které se přibližně každý sedmý člověk v zemi stal vnitřně vysídlenou osobou (IDP).

Arménští představitelé dlouhodobě popírají svou odpovědnost za zločiny spáchané na obyvatelích Chodžaly bez ohledu na to, že jsou tyto zločiny zdokumentované četnými nezávislými zdroji a očitými svědky. Právě na základě existujících důkazů z nezávislých zdrojů zveřejnil Evropský soud pro lidská práva následující výrok: „… v době dobytí  Chodžaly v noci z 25. na 26. února 1992 byly stovky civilistů ázerbájdžánského etnického původu během pokusu o útěk zabity, zraněny nebo zajaty arménskými bojovníky útočícími na město.“ Soud klasifikoval zvěrstva spáchaná v Chodžaly jako „činy zvláštní závažnosti srovnatelné s válečnými zločiny a zločiny proti lidskosti.“ (Rozsudek Evropského soudu pro lidská práva ze dne 22. dubna 2010, bod 87)