Petráček se dostal do sporu s kardinálem Dominikem Dukou a ten ho nakonec odvolal z funkce sídelního kanovníka Kolegiátní kapituly Všech svatých na Pražském hradě. Počátek tohoto sporu tkvěl prý v tom, že se Petráček a Duka rozcházeli v pohledu na kázání profesora Petra Piťhy k tzv. Istanbulské úmluvě z roku 2018.

V něm mons. Piťha uvedl, že po přijetí Istanbulské úmluvy může přijít den, kdy budou homosexuálové vyhlášeni za nadřazenou rasu a kdo se v rozporu s jejich pojetím rodiny bude zastávat tradičního modelu rodiny, může skončit v koncentračním táboře.

Petráček s tímto názorem nesouhlasil, dal to najevo, a Duka po něm chtěl, aby se Piťhovi omluvil. To však Petráček odmítl. „Myslím, že ve smyslu zakladatele kapituly, kterým byl Karel IV., jednám mnohem spíš já než probošt Piťha,“ poznamenal Petráček v rozhovoru pro Reflex.cz s tím, že pan kardinál byl zjevně jiného názoru.  

Petráček má za to, že v jeho vyhazovu sehrály roli i osobní důvody. „Je to nepochybně osobní. Tam k tomu není žádný věcný důvod. Jediným důvodem je, že probošt Piťha, který mimochodem už by měl být sedm let emeritovaný a neměl by v té kapitule de facto působit z hlediska kanonických předpisů, tak není schopen unést to, že bych byl nadále členem kapituly. Je tam ta bytostná potřeba mě potrestat,“ popsal svůj pohled na Piťhovo uvažování Petráček s tím, že vychází ze zpráv od přátel, kteří v kapitule stále působí.