Předseda vlády sice odmítá, že by s Agrofertem měl cokoliv společného, nicméně tento koncern je spravován svěřenským fondem, jehož beneficientem a zakladatelem je právě Andrej Babiš. V této věci Piráti zaslali 3 eurokomisařům dopis, ve kterém žádají o vysvětlení správného postupu při implementaci tohoto nařízení. Piráti se rovněž obrátili na předsedkyni Výboru Evropského parlamentu pro rozpočtovou kontrolu Ingeborg Grässle a pirátskou europoslankyni Julii Redu.

Finanční nařízení EU přináší povinnost každé osobě vnitrostátních orgánů zamezit vzniku střetu zájmů a případné riziko nahlásit svému nadřízenému. Jestliže tento střet zájmů bude potvrzen, pak tato osoba musí ukončit veškerou činnost. Hlavní autorkou tohoto nařízení je předsedkyně Výboru EP pro rozpočtovou kontrolu Ingeborg Grässle, která již před dvěma lety na své tiskové konferenci prohlásila: „Je nepřípustné, aby členové vlády, kteří jsou z hlediska své funkce garanty řádného využívání evropských fondů, měli z těchto fondů prospěch a navíc mohli ovlivnit způsob jejich přidělování a využívání.“ Předseda Pirátů Ivan Bartoš na tato slova navazuje: „Riziku zneužití střetu zájmů je nutné předcházet a jednotlivá podezřelá zjištění pečlivě prošetřovat. Se slovy paní Grässle se plně ztotožňuji.“

Piráti mají výrazné pochybnosti o tom, zda jsou české úřady na implementaci tohoto nařízení připraveny. Z tohoto důvodu zaslali dopisy 3 eurokomisařům, v jejichž gesci jsou zemědělská politika (DG AGRI), rozpočet (DG BUDGET) a regionální politika (DG REGIO). V dopisech žádají komisaře o vysvětlení správného postupu při implementaci tohoto nařízení, ptají se na výklad Ingeborg Grässle či praktický postup v situaci, kdy ve střetu zájmů je předseda vlády či ministr.