Po uzavření dolu ČSA bude muset elektrárna změnit palivo. Zřejmou a elektrárnou oficiálně potvrzenou volbou je uhlí z dolu Vršany, který stejně jako elektrárna také patří do portfolia miliardáře Pavla Tykače a jeho skupiny Seven Energy. Vršanské uhlí je ovšem méně výhřevné, a proto se jeho spalováním při zachování současného výkonu zvýší i emise toxické rtuti vypouštěné z elektrárny. V současné době pálí vršanské uhlí elektrárna Počerady patřící firmě ČEZ. Ta je přitom vůbec největším zdrojem znečištění rtutí v celé České republice. (2)

Uhlí z dosavadního zdroje, dolu ČSA, má průměrnou výhřevnost 17,5 MJ/kg, uhlí z Vršan pouze 11 MJ/kg. (3) Obsah rtuti v uhlí z obou zdrojů je přitom přibližně stejný (4) Pokud by elektrárna spalovala jen uhlí z ČSA a nahradila ho uhlím z Vršan, zvýšila by se tak při stejném množství vyráběné elektřiny spotřeba uhlí - a s tím i emise rtuti - o 59 procent. V současné době míchá Severní energetická pro potřeby elektrárny Chvaletice směs uhlí z lomů ČSA a Vršany (5) s průměrnou výhřevností 15,6 MJ/kg. (5) Nahrazením uhlí z ČSA v tomto mixu se tedy emise rtuti zvýší o 41 %.

Právě emise rtuti jsou jedním z důvodů, proč elektrárna Chvaletice žádá Krajský úřad Pardubického kraje o výjimku z platných emisních limitů. O plánované změně paliva provozovatel elektrárny v žádosti o výjimku pro období 2021-2029 vůbec nepíše. Hrozí tak, že úřady nevezmou při rozhodování o výjimce změnu paliva a s ní spojené zvýšení emisí v úvahu. Pro rtuť žádá elektrárna o výjimku na emise ve výši 421,33 kilogramu za rok. To je o 257 % více, než by při zachování dosavadního objemu spalin dovolovaly emisní limity platné po roce 2021. Je tedy pravděpodobné, že v této horní hranici provozovatel maskuje zvýšení emisí rtuti po změně paliva. Nárůst lze přitom očekávat i u oxidů síry a dalších škodlivin, u kterých elektrárna plní emisní limity s rezervou.