Podle nedávno zveřejněných dat za rok 2017 se množství emisí vypouštěných hnědouhelnou elektrárnou ve Chvaleticích snížilo po rekonstrukci jen o necelou třetinu. Bloky, které prošly modernizací, navíc vypouštějí téměř stejné množství emisí jako bloky nerekonstruované. Limity Evropské směrnice o průmyslových emisích zatím převyšují limity pro oxidy dusíku i pro tuhé znečišťující látky. Pokud by se elektrárna do roku 2020 nedostala pod stanovené emisní stropy, bude muset omezit provoz či rekonstruované bloky uzavřít.

Severní energetická slibovala, že hned po rekonstrukci dojde k razantnímu snížení vypouštěných škodlivin o polovinu, k tomu se ovšem zatím prokazatelně ani neblíží. Další zpřísnění limitů má přitom přijít již v roce 2021, tentokrát v návaznosti na zavádění nejlepších dostupných technologií podle dokumentu BREF. Elektrárna Chvaletice již dříve přiznala, že se přidala k žalobě sdružení Euracoal proti těmto emisním stropům a je velmi pravděpodobné, že z nich bude chtít udělit výjimku.