Hospodaření prověřili na majetku v hodnotě 530 milionů korun. Kontrola odhalila účetní nedostatky, jejichž příčinou bylo i to, že v ústavu nebyl zaveden účinný vnitřní kontrolní systém. Zároveň je nutné, aby se Ministerstvo zdravotnictví (MZd) co nejdříve zabývalo financováním ústavu, a to zejména po roce 2020, kdy ústav přijde o podstatnou část svých příjmů.

Národní ústav duševního zdraví vznikl v roce 2015 transformací z Psychiatrického centra Praha. Od stejného roku sídlí v nově postaveném areálu v Klecanech. Ústav vznikl hlavně s pomocí evropských dotací z operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace. Vybudování centra v Klecanech stálo přibližně 700 milionů korun – jde o náklady na budovu a její vybavení. Spuštění provozu ústavu vyšlo zhruba na dalších 200 milionů korun. Náklady na provoz už jsou pak pokryty hlavně z národních zdrojů. V roce 2016 dosáhly celkové náklady ústavu zhruba 220 milionů korun.