Kontroloři prověřili například to, jaké náklady provázely vybudování a provoz mýtného systému, jaké výsledky zavedení mýtného přineslo, ale například i to, zda MD zajistilo jeho hospodárný výběr v budoucnu. Kontrola ukázala, že v letech 2007 až 2016 byly náklady spojené s výběrem mýtného v porovnání s příjmy vysoké. MD také často měnilo možný způsob výběru mýtného po roce 2016, což se dělo hlavně kvůli chybějícímu ucelenému, koncepčnímu přístupu. Jeho absence je také jedním z důvodů vysokých nákladů systému.

V letech 2007 až 2016 dosáhly celkové náklady na zavedení a provoz mýtného systému více než 24 miliard korun, přičemž MD na mýtném vybralo 78,5 miliardy korun. Průměrná celková nákladovost mýtného systému tak dosahovala přibližně 31 procent – tedy na 100 tisíc korun příjmů z mýtného připadlo 31 tisíc korun nákladů na jejich výběr. To je podle NKÚ vysoká hodnota. Průměrná provozní nákladovost za celé období – tedy bez zohlednění nákladů na vybudování mýtné infrastruktury – byla 24 procent. Pro srovnání lze uvést, že předchozí kontrola NKÚ zaměřená na mýtný systém č. 11/131 ukázala, že v Rakousku, které využívá podobnou technologii jako Česká republika, tato hodnota dosahovala jen 12 procent.

Na celkových nákladech spojených s mýtným systémem se podepsala i neujasněnost a časté změny řešení způsobu a rozsahu výběru mýtného. MD například zaplatilo v roce 2008 přes 770 milionů korun za satelitní rozhraní pro zpoplatnění silnic I. až III. třídy, které ale pro výběr mýtného nikdy nevyužilo. Část z pořízené technologie v hodnotě 189 milionů korun resort bez využití zlikvidoval. Dalším dopadem neujasněného řešení a častých změn je například i pozdní zavedení evropské služby elektronického mýtného2 za 372 milionů korun. Ta měla být v provozu nejpozději v roce 2012. MD se ale touto službou začalo zabývat až rok po tomto termínu a nakonec ji zavedlo s pětiletým zpožděním až v roce 2017.