Podle zákona o léčivech se jedná o mimorozpočtové příjmy převáděné na zvláštní účet, které používá SÚKL pro zajištění své činnosti, pokud nelze tuto činnost zajistit v potřebném rozsahu z rozpočtových zdrojů.

Rozpočtování a účtování o těchto konkrétních mimorozpočtových prostředcích není v právních předpisech upraveno. NKÚ navrhovaný způsob účtování však také nemá oporu v zákoně o rozpočtových pravidlech, což SÚKL opakovaně namítal. SÚKL je tedy přesvědčen, že mu NKÚ navrhuje způsob účtování v rozporu se zákonem. SÚKL proto již v průběhu kontroly v loňském roce zahájil jednání s MZČR a MFČR, které mají směřovat k vyjasnění metodiky účtování o mimorozpočtových zdrojích.

SÚKL tedy odmítá závěr NKÚ, že takový způsob financování ovlivňuje podobu účetní závěrky a významně zkresluje pohled na finanční situaci SÚKL.

Informační systémy SÚKL byly budovány a řízeny nekoncepčně

SÚKL si je této skutečnosti vědom, a proto byly bezprostředně po nástupu ředitele Zdeňka Blahuty do funkce zahájeny práce na koncepci, vč. povinné atestace systému řízení. Díky snaze současného vedení byl tento dlouhodobý nedostatek SÚKL napraven.