Prostředí výzkumu a inovací, kde stát každoročně investuje miliardy korun do projektů s vysokým potenciálem pro společnost, je bohužel také terčem pro zneužití a podvody. Posláním TA ČR je podporovat kvalitní a důvěryhodný výzkum, který posouvá Českou republiku kupředu, a zajistit, aby každá koruna z veřejných zdrojů byla vynaložena efektivně a transparentně.

V souvislosti s případem chemika Simona Cihelníka, který byl Krajským soudem v Praze 19. srpna 2025 nepravomocně odsouzen k osmi letům vězení za dotační podvod, poškození finančních zájmů Evropské unie a legalizaci výnosů z trestné činnosti, TA ČR zdůrazňuje, že žádné z těchto projektů nikdy nebyly Agenturou financovány.