Výsledek hospodaření těchto státních podniků byl sice kladný, výnos z jejich činnosti byl ale nízký. Ke kladnému výsledku jejich hospodaření rozhodující měrou přispěly dotace od Ministerstva zemědělství.

Průměrný roční zisk Povodí Moravy byl v letech 2011 až 2013 zhruba jen 5,5 milionu korun, v případě Povodí Ohře se jednalo zhruba o 9,5 milionu korun. Hospodaření obou podniků také ovlivnila regulovaná cena za odběr povrchové vody, která nepokrývala skutečné náklady. Rozdíl mezi regulovanou cenou a skutečnými náklady na odběr povrchové vody činil u obou státních podniků dohromady více než 234 milionů korun. Povodí tuto ztrátu pokrývala z jiných činností, nejčastěji z výroby elektrické energie.