Podle NKÚ navíc nemá ČR jasno, kam se chce do budoucna posunout, ať už jde o dopravu, průmysl, sociální věci, zemědělství nebo životního prostředí. Poukazuje i na to, že řadu projektů brzdí byrokracie. Komplikované posuzování a schvalování žádostí také odrazuje žadatele například z řad malých a středních podniků. Právě na ně stát dosud nedokázal správně zacílit svou podporu a ta pak často putuje k velkým podnikům.

Podle prezidenta NKÚ Miloslava Kaly bude také nutné, aby stát dokázal reagovat na měnící se priority EU a současné výzvy: „Pro ČR to znamená, že se musí rozhodnout, kam nasměrujeme mimořádné finanční prostředky a proč. A pokud má mít tato podpora výraznější dopad, je třeba přesně určit, čeho konkrétně chceme dosáhnout a měli bychom také umět vyhodnotit, jestli se nám to daří nebo ne. Kromě toho by měl stát být schopen připravit a prosadit strategické projekty v reálném čase. V tom vidím hlavní výzvy na další období.“