Poté následovala na území ČR změna ekonomické formy celostátní firmy na akciovou společnost. Po vstupu do EU následovalo oddělování dopravní cesty od dopravce a následně postupné oddělování činností. Nejdříve rozdělení osobní a nákladní dopravy, následně vznik dceřiných společností pokrývajících servisní služby pro železničního dopravce.

Celý tento proces měl být doprovázen vznikem transparentní ekonomické formy v podobě strategického holdingu zastřešujícím všechny činnosti původně jednotné státní firmy. Proces nebyl vůbec realizován a zkrachoval na nedokončené majetkové inventuře, převodu zbytného majetku na dopravní cestu či vytvořené dceřiné společnosti. Přes několik změn základních zákonů pro železniční dopravu na území ČR nebyly vytvořeny objektivní podmínky pro podnikání a konkurenceschopnost státní akciové společnosti. Poslední novelizace zákona o drahách v roce 2017, která vytváří nové podmínky pro dopravní společnosti na dopravním železničním trhu, nesplnila očekávání ani potřeby praxe. Ještě více se prohloubila propast mezi státním železničním dopravcem a dalšími dopravními společnostmi usazenými na území ČR. Zde se naskýtá otázka: „Jaké cíle měli jednotlivé polistopadové vlády ve vztahu ke státnímu železničnímu dopravci?“. Ze všech učiněných kroků a přijatých rozhodnutí vlád je zřejmé, že to nebyla cesta k vytvoření konkurenceschopného národního dopravce na liberalizovaném železničním dopravním trhu.

Je důležité podoktnout, že již zmíněná poslední novela drážního zákona nepřinesla stanovení objektivních a transparentních pravidel pro účastníky dopravního trhu na železnici. Z uvedeného vyplývá, že výchozí podmínky pro jednotlivá vedení Českých drah po celou dobu transformace nebyly nikdy jednoduché. O to složitější, že národní dopravce zajišťoval síťovou dopravní obslužnost v osobní dopravě dle objednávky státu a krajů v souladu s Ústavou ČR a zákonem o službách ve veřejné dopravě. Zde je na místě se zmínit o dědictví z předlistopadové doby, kdy politici považovaly stav vozidel Československých drah potažmo Českých drah za dobrý základ bez vnímání reality jejich životnosti (v roce 1989 byla nejmladší vozidla v provozu již cca 7 let) a tím schopnosti spolehlivě zajišťovat zvyšující se výkony. Rostoucí politický a mediální tlak na kvalitu a spolehlivost železniční dopravy nebyl od státu doprovázen pravidelným pokrytím zvýšených nákladů na realizované výkony, růst cen energie, nebo cen na pořizování nových vozidel. Vše bylo trvale zdůvodňováno tím, že si vedení ČD jako podnikatelský subjekt musí poradit samo. Přes všechnu nepřízeň legislativy, nevhodných ekonomických pravidel, nenarovnání majetkových poměrů, spuštění liberalizace bez jasných pravidel a finanční skouposti objednavatelů výkonů v dálkové i regionální dopravě se podařilo vratkou loď Národního dopravce České dráhy dovést až do letošního roku.