Po tzv. Akci K, při které byly komunistickou mocí zrušeny všechny mužské a ženské kláštery v tehdejším Československu, byla v každém kraji určena centrální knihovna, která měla fondy těchto klášterů převzít do správy. V průběhu let 1950 a 1951 takto Universitní knihovna (dnešní MZK) převzala do správy knihovny rajhradských benediktinů, brněnských minoritů, kapucínů a augustiniánů, premonstrátů v Nové Říši, františkánů v Moravské Třebové a Dačicích, křižovnickou knihovnu u sv. Hypolita v Hradišti u Znojma, mikulovských piaristů, jihlavských minoritů, brněnského alumnátu a znojemských kapucínů a dominikánů. Péčí o tyto fondy byl pověřen JUDr. Vladislav Dokoupil, díky němuž byly knihovny uchovány jako kompaktní celky a nebyly rozptýleny do běžného fondu. Pokud to bylo možné, nadále zůstaly uložené v původních interiérech. V případě knihovny znojemských dominikánů to však možné nebylo, na dramatické okolnosti přesunu knihovny v lednu roku 1951 později vzpomínal V. Dokoupil takto: „Nový uživatel kláštera nařídil knihovnu do dvou dnů vyklidit pod pohrůžkou svémocného vyklizení. Neměli jsme tehdy ještě přidělen žádný depozitář, byli jsme tedy nuceni pro naprostý nedostatek místa knihovnu během několika hodin protřídit...novější náboženské nebo domněle méně hodnotné knihy jsme uložili naprosto nevhodně ve staré garáži ve Znojmě, ostatní jsme odváželi ve vánici do Brna…“Jádro knihovny se tak dostalo do Universitní knihovny, části (včetně té v garáži) byly nabídnuty jiným knihovnám a ústavům. Fond knihovny byl posléze uspořádán a katalogizován.

Po roce 1989 byly postupně klášterní knihovny navraceny původním majitelům – jednotlivým církevním řádům. Dominikánská knihovna byla vrácena v roce 2004, v roce 2011 byl v rámci projektu financovaném ministerstvem kultury její fond zpřístupněn v elektronickém katalogu MZK. Badatelé tak snadno mohli v titulech vyhledávat, pro vlastní studium konkrétních svazků pak ale museli do Znojma. V roce 2018 dominikánský řád oslovil MZK s dotazem na možnost převzít historickou knihovnu zpět do správy, důvodem bylo zejména zlepšení badatelské přístupnosti fondu uložením knihovny přímo v Brně.