Předně je potřeba uvést, že zpráva NKÚ se týká let 2017 až 2019 a nereflektuje tedy poslední vývoj v této oblasti, kdy se v této oblasti odehrála řada koncepčních a progresivních změn. Obecně je pro ministerstvo školství klíčové potvrzení NKÚ, že jsou veřejné vysoké školy financovány ze strany ministerstva plně v souladu se zákonem. Kromě prorůstového rozpočtového trendu došlo v nedávné době také k implementaci nové metodiky v této oblasti. Díky ní bylo před pár dny ukončeno první plné hodnocení výzkumu na vysokých školách, které svým rozsahem nemá obdoby a zcela jistě se stane další součástí trvalé snahy ministerstva školství o zlepšení kvality činnosti vysokých škol.

1. NKÚ prověřil systém financování veřejných vysokých škol. V roce 2019 na ně stát vydal přes 45 miliard korun. Způsob financování nemotivuje školy k tomu, aby zvyšovaly kvalitu poskytovaného vzdělání a zaměřily se na svůj dlouhodobý rozvoj. V mezinárodním srovnání se postavení českých veřejných vysokých škol zhoršuje. Problémem je i to, že se veřejným vysokým školám nedaří získat peníze z mezinárodních grantů a navázat intenzivnější spolupráci se soukromým sektorem. Výdaje na jednoho studenta jsou v ČR v mezinárodním srovnání nízké, vysoké školy přesto každý rok nevyčerpaly peníze, které měly k dispozici, a navyšovaly zůstatky svých fondů.

Stanovisko MŠMT: NKÚ hovoří o celkových transferech, který VŠ získaly od všech poskytovatelů
a z různých typů dotačních titulů. Řada z nich není vůbec určena na vzdělávací činnost. NKÚ neprověřoval většinu z nich. Pokud tedy NKÚ dovozuje takto závažně závěry, nečiní tak na základě výše identifikované kontroly a dovozuje závěry ze zdrojů, které se nedají blíže komentovat či ověřit. Situace, kdy VŠ generují zůstatky svých fondů, je přirozená a nezbytná. Viz níže.

2. Systém financování veřejných vysokých škol, který nastavilo MŠMT, nepomáhá k tomu, aby se zlepšila na těchto školách kvalita vzdělání. Samo si přitom zlepšení kvality vysokých škol určilo jako jednu z dlouhodobých priorit. Ministerstvo v posledních letech přiděluje veřejným vysokým školám stále více peněz v příspěvcích na počet studentů na úkor peněz rozdělovaných na základě výsledků. Postupuje tak zcela opačně, než si samo stanovilo.

Stanovisko MŠMT: NKÚ se odkazuje k dokumentům tvořeným v letech 2014/2015 bez zohlednění vývoje rozpočtu a nutnosti řešit likvidační důsledky většího poměru tzv. výkonové části vůči té tzv.  fixní. Již v kontrolovaném období došlo k zásadní koncepční změně výkonové části (rozdělení VVŠ do segmentů dle jejich velikosti či zaměření) a postupnému navýšení jejího podílu. S výjimkou rozpočtového okruhu zaměřeného na sociální a studentská stipendia, kde se změna připravuje, došlo v každém významném ukazateli v posledních letech k zásadní koncepční změně, která se však pochopitelně projeví s časovým odstupem. S ohledem na povahu systému financování je závěr NKÚ zcela zavádějící. K systému zlepšení kvality VVŠ mají pomoci všechny ukazatele a rozpočtové okruhy. Stejně tak v systému financování neexistuje nic jako „příspěvek na počet studentů“. NKÚ bylo na tuto desinterpretaci a nekonzistentnost opakovaně upozorňováno.