Většinu veřejnosti zpřístupněných částí těchto jeskynních systémů tvoří suchá jeskynní patra v bezpečné výšce nad hladinou podzemních vod, do nichž ani při větších deštích či záplavách voda nedosahuje a případné průsaky rychle projdou do hloubky. Životu nebezpečné zaplavení v nich nehrozí.

Jediné zpřístupněné jeskyně na úrovni podzemního toku jsou Punkevní s vodní plavbou na ponorné říčce Punkvě. Zde průběžně monitorujeme stav hladiny, kterou můžeme regulovat systémem stavidel. Současně sledujeme meteorologickou situaci a máme informace o vodních stavech na povodí zdrojových přítoků. V případě, že se hladina blíží stanovené limitované úrovni, plavba se preventivně s dostatečnou časovou rezervou zastavuje. Taková situace se objeví na pár hodin, max. několik dní asi jednou do roka. Ještě v jedné jeskyni by mohlo za mimořádné situace dojít k zaplavení části podzemní návštěvní trasy, a to ve Zbrašovských aragonitových jeskyních v případě extrémního zvýšení vodního stavu na řece Bečvě u Hranic na Moravě. Také zde jsou v případě nástupu povodňové pohotovosti sledovány elektronické informace ČHMÚ o průtocích v řece a u východu z jeskyně k rychlé instalaci připravena mobilní hráz. I v případě záplavy by však nedošlo k ohrožení osob, protože jeskyně má druhý (hlavní) vstup vysoko ve svahu údolí.

Obdobné nebezpečí jako v Thajsku však u nás hrozí speleologům, kteří v jeskyních s podzemními toky, nebo v jeskyních občas zaplavovaných, provádí průzkum či výzkum. Samozřejmě, také případným dobrodruhům, kteří by tyto jeskyně navštěvovali. Takových jeskyní je u nás mezi téměř 4000 evidovanými jeskyněmi povícero. Například v Moravském krasu je jich hned několik. Nejznámější je celý čtyřicetikilometrový systém Amatérské jeskyně (nejdelší jeskynní soustava u nás), ve které se z ponorných toků Bílé vody a Sloupského potoka v podzemí rodí říčka Punkva. Podobný je i dvanáctikilometrový systém Rudické propadání – Býčí skála. Tady je opravdu nezbytné důsledně sledovat informace o počasí a dávat velký pozor na dešťové srážky. Přesto se čas od času podobná nepříjemná příhoda stane. Asi před deseti roky byli na několik dní po deštích uvězněni speleologové v jeskyních Nové Rasovny v Moravském krasu. Vzpomínám na velkou tragédií, kterou skončil objevitelský průzkum Amatérské jeskyně v srpnu 1970. Na nečekanou průtrž mračen a zaplavení části jeskyně tehdy doplatili svým životem dva z jejích objevitelů. Nepomohlo ani intenzívní odčerpávání vody valící se do podzemí. Shodou okolností jsem sám o měsíc dříve zažil na vlastní kůži obdobnou situaci při průzkumu jeskyně Šesuri v Rumunsku, kde naši sedmičlennou skupinu nečekaný přival vody uzavřel na dlouhé hodiny. S velkým štěstím jsme právě spali v bezpečné prostoře, jediné, kterou voda nezaplavila ke stropu.