Návrh nového vodního zákona a zejména jeho část věnující se odběru podzemní vody vzešel z potřeby chránit tento vzácný zdroj. Současná situace je totiž taková, že je výhodnější odebírat podzemní vodu a její odběr tak pokrývá téměř 50 % výroby pitné vody.

Platný vodní zákon z roku 2001 stanovil, že zatímco u povrchové vody se poplatky postupně navyšují na základě rostoucích nákladů na správu vod, u vody podzemní jsou poplatky za odběr fixní. Původním záměrem vodního zákona bylo, aby se přednostně odebírala voda povrchová a tento odběr měl být tedy výhodnější. To skutečně v roce 2001 platilo – poplatky za odběr povrchové vody byly nižší než za odběr podzemní vody. S postupným nárůstem poplatku za odběr povrchové vody však došlo k tomu, že byl čím dál více zvýhodňován odběr vody podzemní. V současnosti je povrchová voda až dvakrát dražší. Průměrná cena povrchové vody činí cca 4,1 Kč/m3, fixní poplatek za vodu podzemní je přitom stanoven na 2 Kč/m3 (eventuálně 3 Kč/m3 v případě použití za jiným účelem, než je výroba pitné vody – tato sazba se však využívá minimálně).

Druhým důvodem pro vyšší odběr podzemní vody je její snadnější a tím pádem i levnější úprava na pitnou vodu. Nejen, že je tedy levnější samotný odběr podzemní vody, ale i její úprava. Poplatek za odběr podzemní vody ve výši 2 Kč/m3 je tak mnohdy jediným nákladem na získání suroviny pro výrobu pitné vody, jež je následně prodávána za cca 40 Kč/m3. Důsledkem toho je, že odběratelé upřednostňují odběr podzemní vody. Původní nástroj vodního zákona v podobě vyššího poplatku za odběr podzemní vody se tak stal postupem času naprosto neúčinným.