Oproti minulosti se hlavní problémy přesunuly směrem k systému řízení a způsobu rozdělování dotací. Jde například o nejasné cíle, nedostatečné hodnocení přínosu vyplacených peněz nebo o chyby v systému kontrol příjemců. Tyto problémy představují výrazné riziko, že rekordní objem peněz, který ČR získá z EU na Národní plán obnovy, nepřinese očekávaný výsledek při restartu ekonomiky po pandemii.

„Nejsme v situaci, kdy si můžeme dovolit kofinancovat projekty, jejichž přínos není jasně měřitelný a doložitelný. Ten, kdo to myslí skutečně vážně se stabilizací veřejných financí, musí začít u efektivity vynakládaných prostředků, a to včetně těch evropských,“ uvedl prezident NKÚ Miloslav Kala.