Generální ředitelství cel (GŘC) odhadovalo, že do roku 2013 se roční úniky na spotřební dani z lihu pohybovaly od 1 do 2 miliard korun. Na efektivitu správy spotřební daně z lihu negativně dopadá nevhodná právní úprava. Celní správa dostatečně nekontrolovala daňové subjekty. Ani opatření zavedená po tzv. metanolové aféře, jako jsou nová podoba kontrolních pásek, kamery v místech značení lihu nebo zavedení prodeje lihovin jako koncesované živnosti, nedokáží zabránit prodeji závadných a nezdaněných lihovin.

Jedním z nástrojů, které měly sloužit ke zvýšení efektivity kontroly prodeje lihu, bylo v roce 2005 zavedení kontrolních pásek pro označování lihovin. Podle GŘC u vzorku 16,5 milionu pásek vykázaly daňové subjekty jako zničené nebo ztracené 3,9 milionu pásek. Ty jsou podle kontrolorů rizikové, protože mohou být zneužity k prodeji lihovin vyrobených z nezdaněného lihu. Na konci roku 2013 byla zavedena jako další nástroj pro lepší kontrolu nakládání s lihem nová, individualizovaná podoba kontrolních pásek. Právní předpisy ale subjektům neukládají povinnost vést evidenci pásek podle individuálního kódu. Jejich registr tak postrádá smysl.

Další nástroj, který podle NKÚ selhal, je kontrola denaturace lihu, tedy znehodnocení lihu pro použití k výrobě lihovin. Denaturovaný líh je přitom osvobozen od spotřební daně. Při jeho nedostatečné kontrole proto může hrozit riziko nelegálního použití lihu původně určeného k denaturaci k výrobě lihovin.